Одной из наиболее острых проблем является загрязнение рек. Несмотря на то, что вода в Таганрогском заливе характеризуется как "незначительно загрязненная", малые реки Таганрога по-прежнему требуют внимания. В реки Малая и Большая Черепахи регулярно попадают бытовые отходы, строительный мусор, происходит нелегальное подключение ливневых стоков, а толщина иловых отложений достигает почти четырех метров.
Стоит отметить, что несколько месяцев назад в реке Малая Черепаха были замечены мутные белые следы от сточных вод. Выяснилось, что загрязнение носило локальный характер, и причиной стал слив сточных вод с частной территории.
Напомним, что в марте ростовские ученые предупреждали о возможной массовой гибели рыбы в Таганрогском заливе. По мнению экспертов, одной из вероятных причин является температурная и солевая стратификация воды. Различие в температуре и солености между пресными и теплыми водами из реки Дон и более солеными и холодными глубинными водами вызывает расслоение воды и затрудняет ее перемешивание. Это, в свою очередь, приводит к кислородному голоданию в нижних слоях, что губительно для рыбы.
Летом 2024 года в Таганрогском заливе из-за высоких температур возникла нехватка кислорода в воде. Это привело к мгновенной гибели большого количества рыбы.
